Manual SPMI UPPS berisi petunjuk praktis mengenai cara, langkah, atau prosedur tentang bagaimana SPMI ditetapkan, dilaksanakan, dievaluasi, dikendalikan, dan ditingkatkan mutunya secara berkelanjutan oleh pihak-pihak yang bertanggung jawab untuk melaksanakannya pada semua tingkatan di UNISSULA. Setiap standar SPMI UPPS mempunyai lima manual mutu yang terdiri atas manual PPEPP yaitu (1) Manual Penetapan Standar, (2) Manual Pelaksanaan Standar, (3) Manual Evaluasi Pelaksanaan Standar, (4) Manual Pengendalian Pelaksanaan Standar, dan (5) Manual Peningkatan Standar. Dokumen Manual SPMI UPPS dapat diakses melalui Manual Mutu FH UNISSULA 2022